En el verano de 2005, los amigos de Stones Throw llevaron a J Dilla un Boss SP-303 y un reproductor de vinilos portátil a su habitación del Cedars-Sinai Medical Center. James Yancey llevaba meses luchando contra la púrpura trombocitopénica trombótica, una enfermedad sanguínea incurable, complicada por lupus. Entre sesiones de diálisis y tratamiento del dolor, grabó la mayoría de las pistas que formarían Donuts.
En «Stop», toma «You're Gonna Need Me» de Dionne Warwick y manipula la voz para que cuando ella dice la palabra «stop», la música se detiene literalmente por un instante. En «The New», invierte el sample de 10cc «Johnny Don't Do It» para que suene como «Johnny do it», un mensaje a su hermano para que siguiera haciendo música. El disco empieza con el outro y termina con el intro — una estructura circular que imita la forma de un donut.
Donuts se publicó el 7 de febrero de 2006, el día del cumpleaños 32 de Dilla. Tres días después, el 10 de febrero, murió. Questlove después diría: «No podía comunicarse realmente. Lo que hace que Donuts sea aún más escalofriante para mí es que todos esos samples eran en realidad mensajes suyos».